Presso la Biblioteca Centrale Area Umanistica è conservato un importante archivio costituito da tre distinti settori: una parte dell'Archivio dell'Università, l'Archivio del Comune di Urbino e l'Archivio della Congregazione di Carità.
Nel complesso sono possedute 1.422 pergamene; 287 volumi manoscritti; 85 serie di registri e 297 buste di documenti.
Per chiarezza espositiva si riassume qui di seguito l’organizzazione delle buste del c. d. Archivio Storico.
Le buste della Congregazione di Carità sono 54 ed hanno una numerazione da 1 a 54; tutte le altre (eccezion fatta per il Fondo Staccoli, costituito da quattro buste numerate da I a IV), risultano unite in un’unica sequenza che va da 1 a 245, all’interno della quale le buste del Fondo dell’Università vanno da 1 a 92 e da 241 a 245, tutte le altre, vale a dire le buste da 93 a 240, appartengono al Fondo del Comune; la circostanza che il repertorio del Moranti riporti una doppia numerazione, in basso a destra quella riferita alla numerazione complessiva ed in altro a sinistra quella riferita alla numerazione interna al singolo fondo, ha comportato innumerevoli disguidi.